Na madrugada do dia 2, o voo 904 da American Airlines pousou em Manaus após ser escoltado por caças F-5EM da Força Aérea. Segundo informações da Aeronáutica, durante 17 segundos o código transponder 7500, referente a interferência ilícita apareceu na tela do Centro Brasília.
Embora em seguida o voo tenha prosseguido com o código designado, o Sistema de Controle do Tráfego Aéreo, conforme orientação do SISDABRA (Sistema de Defesa Aeroespacial Brasileiro) considerou a ameaça real. Segundo fontes do Comando da Aeronáutica, no momento do alerta, a hipótese era a de que o piloto havia digitado brevemente o código para comunicar as autoridades sobre o sequestro, tendo em seguida alterado o código para evitar que o sequestrador percebesse que o código 7500 havia sido inserido. O temor era maior por envolver uma aeronave de origem americana, já que os Estados Unidos são um alvo prioritário para grupos extremistas.
Após o alerta, o avião, que estava sendo monitorado pelo controle Brasília, passou imediatamente para a subordinação da Defesa Aérea, sendo tratado como prioridade e situação de perigo. Imediatamente, as autoridades aeronáuticas foram acionadas e todos os procedimentos de alerta passaram a funcionar, já que havia risco de sequestro. Ainda assim, a presidente Dilma Rousseff não chegou a ser informada durante o evento. A ordem para a decolagem do F-5 e do pouso em Manaus partiu do comandante da Aeronáutica, Juniti Saito.
O Boeing 767 que partiu do Rio de Janeiro com destino a Miami, pousou numa posição remota do Aeroporto Eduardo Gomes, em Manaus, e, após uma verificação da Polícia Federal, o avião foi liberado para seguir viagem.
A Aeronáutica abriu uma investigação para verificar por que o código 7500 foi inserido no voo 904. A American Airlines, em nota, não comentou o que teria levado o piloto a declarar interferência ilícita ou se o erro foi ocasionado por uma falha no avião.